Обязательные курсы:
1. Введение в гидробиологию (с.н.с. Д.В. Ростанец)
2. Общая гидробиология (проф. В.В. Ильинский, проф. А.И. Азовский, доц. И.Г. Радченко, с.н.с. Д.В. Ростанец, с.н.с. Д.М. Гершкович, с.н.с. К.П. Хазанова)
3. Структура и функционирование фито- и бактериопланктона (проф. В.В. Ильинский, доц. И.Г. Радченко)
4. Структура и функционирование зоопланктона и бентоса (проф. А.П. Садчиков, проф. А.И. Азовский)
5. Методы исследования планктона (проф. В.В. Ильинский, доц. И.Г. Радченко, с.н.с. Е.А. Мнацаканова)
6. Методы исследования бентоса (с.н.с. М.Ю. Колобов, с.н.с. Н.Ю. Днестровская)
7. Методы анализа данных и компьютерная обработка изображений и текстов (проф. А.И. Азовский, с.н.с. Н.Ю. Днестровская)
8. Водная токсикология (с.н.с. В.И.Ипатова, с.н.с. Д.М. Гершкович, с.н.с.О.В. Воробьёва)
9. Санитарная гидробиология (с.н.с. О.В. Воробьёва)
10. Методы изучения биологической продуктивности (с.н.с. Д.М. Гершкович, с.н.с. О.В. Воробьёва, с.н.с. К.П. Хазанова, с.н.с. Т.В. Полякова, с.н.с. Г.А. Даллакян)
11. Биологическая продуктивность водоёмов (доц. И.Г. Радченко)
12. Первичная продукция в водных экосистемах (доц. И.Г. Радченко)
13. Частная гидробиология (проф. А.П.Садчиков, в.н.с. А.П.Столяров)
14. Сообщества пресноводных животных ()
15. Прикладная гидробиология (с.н.с. Д.В.Ростанец, с.н.с. М.В.Крупина, с.н.с. К.П.Хазанова, н.с. Акулова А.Ю.)
16. Актуальные проблемы гидробиологии (проф. В.В. Ильинский, в.н.с. И.А. Жирков, с.н.с. Л.Ф. Ткебучава, в.н.с. Кокшарова О.А., проф. Ю.Ю. Дгебуадзе, с.н.с. В.И. Ипатова, в.н.с. В.С. Румак)
Курсы по выбору:
1. Гидрология (с.н.с. Н.Ю. Днестровская)
2. Структура сообществ и теория экологической ниши (проф. А.И. Азовский)
3. Процессы самоочищения водоёмов (проф. А.П. Садчиков)
4. Биогеография (в.н.с. И.А. Жирков)
5. Экологическое право, экспертиза и аудит (с.н.с. Л.Ф. Ткебучава)
6. Анализ структуры фитопланктона (доц. И.Г. Радченко)
7. Экология зоопланктона (с.н.с. Т.В. Полякова)
8. Зоопланктон континентальных вод (н.с. А.А. Новичкова)
9. Биологический мониторинг (с.н.с. М.В. Крупина)
10. Экологическое нормирование вод (с.н.с. Л.Ф. Ткебучава)
11. Макроэкология (проф. А.И. Азовский)
12. Гидробиотехнология (доц. И.Г. Радченко, с.н.с. М.В. Крупина, с.н.с. Д.М. Гершкович)
13. Разнообразие водорослей планктона (доц. И.Г. Радченко)
14. Морской макрофитобентос (с.н.с. М.В. Крупина)
15. Экология водной растительности (проф. А.П. Садчиков)
16. Морская биогеоценология (в.н.с. А.П. Столяров)
17. Трофометаболизм в планктонном сообществе (проф. А.П. Садчиков)
18. Идентификация гидробионтов молекулярно-генетическими методами (асс. Т.Р. Кравцова, в.н.с. Т.А. Белевич)
19. Систематика и экология пресноводных животных ()
20. Экология микроорганизмов (проф. В.В. Ильинский, инж. И.В. Мошарова)
21. Морская микробиология (проф. В.В. Ильинский, инж. И.В. Мошарова)
22. Основы аквакультуры (с.н.с. Д.М. Гершкович)
23. Экологическая альгология (с.н.с. В.И. Ипатова)
24. Экологические риски водных объектов (с.н.с. Л.Ф. Ткебучава)
25. Морской макробентос (с.н.с. Н.Ю. Днестровская, с.н.с. М.Ю. Колобов)
26. Культивирование водных беспозвоночных (проф. А.П. Садчиков)
27. Бентосные диатомовые водоросли (с.н.с. К.П. Хазанова)
28. Роль активных форм кислорода в формировании качества воды (с.н.с. Г.А. Даллакян)
29. Деструктивные процессы в пресных водоёмах (проф. А.П. Садчиков)
30. Экологические проблемы и устойчивое развитие (проф. А.В. Олескин)
31. Анализ структуры сообществ морских животных (с.н.с. Н.Ю. Днестровская, с.н.с. М.Ю. Колобов, н.с. А.А. Новичкова)
32. Глобальная экологическая проблематика и экологическое законодательство (проф. А.В. Олескин)
33. Высшие растения пресных вод (с.н.с. Д.В. Ростанец)
34. Микробиология окружающей среды (проф. В.В. Ильинский, инж. И.В.Мошарова)
35. Химические факторы регуляции функционирования водных экосистем (проф. А.В. Олескин)